| Legislatíva |
| Územná ochrana |
| Druhová ochrana |
| Natura 2000 |
  |
Táto sústava chránených území má zabezpečiť ochranu najvzácnejších a najviac ohrozených druhov voľne rastúcich rastlín, voľne žijúcich živočíchov a prírodných biotopov vyskytujúcich sa na území štátov Európskej únie a prostredníctvom ochrany týchto druhov a biotopov zabezpečiť zachovanie biologickej rôznorodosti v celej Európskej únii.
Príspevkom Slovenskej republiky do siete NATURA 2000 je výnos MŽP SR zo 14. júla 2004 č. 3/2004-5.1, ktorým sa vydáva národný zoznam území európskeho významu .
V prípade Bielych Karpát môžme tvrdiť, že najcennejšie časti prírody boli rozpoznané a ich územná ochrana zaistená aj bez tlaku Európskej únie - v relatívne reprezentatívnej sieti rezervácií. Mnohé z nich tvoria jadrá území Natura 2000.
V CHKO Biele Karpaty sa vďaka výskytu druhov a biotopov, významných v celoeurópskej mierke, "kvalifikovali" do sústavy Natura 2000 nasledovné územia (okrem nich sú v územnej pôsobnosti Správy CHKO ešte ďalšie tri, neležiace v CHKO).
V súčasnosti sú pripravované územia do ďalšej etapy schvaľovania. Sú to územia európskeho významu Branné , Mituchovské, Jachtár, Drietomské bradlo, Tlstá hora, Prepadlisko, Omšenská baba, Rúbanice , Tomášovica, Svinica, Považský Inovec, Borotová, Turecký vrch, Beckovské Skalice, Preliačina, Potok Dubová, Šiffovské, Mitická slatina, Stehlíkovské, Krasín.
Rieka Vlára
Tok prechádza územím, ktoré je budované flyšovými horninami. V nich vyhĺbil relatívne
hlbokú
dolinu, ktorá sa vďaka spätnej erózii
prerezala naprieč hlavným hrebeňom Biele Karpaty. V
území je zachovaný jeden z
posledných tokov hyporhithrálu s
výskytom cenných druhov rýb,
vtákov, blanokrídlovcov viazaných na
odtrhové brehy Vláry. Celé
údolie je významným biokoridorom.
Cieľom ochrany je v prvom rade zlepšenie
hydrosanitárnych pomerov. 
Holubyho
kopanice 
Najrozsiahlejšie bielokarpatské územie
Natura, zasahuje do Moravskolieskovskej a
Bošáckej doliny. Jeho súčasťou je
lesná rezervácia Veľká Javorina a
viaceré prírodné pamiatky
lúčneho charakteru - typické
bielokarpatské orchideové lúky,
viaceré so vzácnymi penovcovými
prameniskami (Mravcové, Grúň, Bestiné,
Blažejová, Lopeníček a Baricovie
lúky). Najväčie ohrozenie pre prírodu
predstavuje sekundárna sukcesia lúk a
rekreačná výstavba. Brezovská dolina
Žalostiná
Územie je súčasťou flyšového masívu Žalostinej, s typickými zosuvnými prúdmi a jedinečnými
vývermi a prameniskami. Je prevažne lúčneho
charakteru, ale mozaikovite sa tu vyskytujú i lesy a
ovocné sady. Cieľom ochrany je zachovanie
bohatých orchideových lúk a
penovcových pramenísk s výskytom
viacerých chránených druhov, napr.
plevnatec alpínsky, ľalia cibuľkonosná, vstavač
mužský. Súčasťou územia sú
lúčne rezervácie Žalostiná, Bučkova
jama, Štefanová. Druh kosienka
karbincolistá sa tu vyskytuje na jedinom mieste na
Slovensku. Krivoklátske lúky
Cieľom ochrany je zachovanie druhovo bohatých orchideových lúk a penovcového
prameniska
(päťprstnica hustokvetá, hmyzovník
Holubyho, pavstalač hlavatý a pod) s významnou
populáciou vzácneho mravca Coptoformica excavata
a bohatej populácie
kosatca trávolistého. Časť
územia je silne podmočená, penovce sú
na vystupujúcich častiach extrémne
suché, preto je tu veľa suchoilých aj močiarnych
druhov tesne vedľa seba. Prekrýva sa s
existujúcim rovnomenným
maloplošným chráneným
územím. Krivoklátske bradlá
Cieľom ochrany je zachovanie bohatých lesných a skalných spoločenstiev bradiel s výskytom vzácnych motýľovPre územie je typický výskyt teplomilných dúbrav, a dubobučín s prímesou lipy, javora, drieňa, vápencových bučín (rezervácia Drieňová). Krivoklátska tiesňava je ojedinelým geomorfologickým javom, ktorý je zároveň aj cenným refúgiom rastlín a živočíchov.
Záhradská
Cieľom ochrany je zachovanie slatinného a penovcového močariska s výskytom viacerých chránených druhov orchideí (kruštík močiarny, vstavač obyčajný). Zahŕňa v sebe PR Záhradská.
Krasín 
Krasín je segmentom bradlového pásma
Bielych Karpát. Ide o vypreparované
vápencové bralo s kamenitými suťami na
úpätí. Väčšiu časť
územia tvoria lesy. Cieľom ochrany je zachovanie
hodnotných spoločenstiev skalných
"stepí" s najbohatšou populáciou
lúčovky veľkokvetej a s cennými druhmi hmyzu a
zachovanie zvyškov cenných drieňových
dúbrav s výskytom vstavača
purpurového. Vršatské bradlá
Lukovský vrch
Cieľom ochrany je zachovanie druhovo bohatých teplomilných drieňových dubín a bučín s bohatým výskytom viacerých chránených druhov lesných orchideí, viacerých vzácnych teplomilných druhov bezstavovcov.Vzhľadom na to, že sa jedná prevažne o hospodárske lesy, ich ohrozenie spočíva v možnej nešetrnej ťažbe drevnej hmoty.
Nebrová
je prevažne
lúčneho charakteru, s bohate zastúpenou krovinnou
i stromovou zeleňou. Niva potoka je podmáčaná,
okolo toku sú dobre vyvinuté brehové
porasty. Cieľom ochrany je zachovanie mezofilných a
mokradných lúk s výskytom
orchideí - napríklad vstavačovec
bazový, vstavačovec májový,
päťprstnica obyčajná, a
ďalších vzácnych druhov ako je kosatec
trávolistý. Žijú tu vzácne
druhy motýľov (modráčiky) a
ďalších bezstavovcov.